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一、鐵路
日本鐵路以安全性高、準時而著稱。最大的鐵路公司是JR（日本鐵道）集團，路線遍布日本全境。
快捷舒適的新干線是長距離客運的主要交通手段，也是最受外國旅客歡迎的交通工具。日本新干線號稱全球最安全的高速鐵路之一，也是世界上行駛過程最平穩的列車之一。新干線每隔十幾分鐘就有一班從東京開往各主要城市的列車，座位分為“自由席”、“指定席”和“綠色（頭等）”三種，價格各異。
新干線的線路主要有連接東京與福岡博多的“東海道·山陽新干線”、連接東京與新青森的“東北新干線”、連接東京與新瀉的“上越新干線”、連接東京與長野的“長野新干線”及在九州運行的“九州新干線”等。
在日本的各城市里除了JR（日本鐵道）集團營運的鐵路線以外，還運行著許多私營鐵路線，供居民上下班和學生上學來回乘坐。這些鐵路線連接的多是城市郊外的住宅區和市中心區。
二、地鐵
地鐵是極為便利的市中心交通工具，東京和大阪兩地都有以JR(日本鐵道)集團營運的環狀鐵路線為中心的多條鐵路線。幾乎所有的路線都和JR或私營鐵道相互連接。
在各車站的自動售票機處可購買車票。普通票價根據乘車區間的最短距離進行計算。兒童票價為成人的一半。此外，也可在自動售票機上購買經濟實惠的都營通票。
三、公路
日本高速公路非常發達，各主要地區的高速公路網都很完善。城市間長途汽車班次多，且票價比飛機、火車便宜，適合旅游時間比較寬裕的游客選擇。乘坐夜行大巴遠途旅游，建議選擇有2名司機交替駕駛的信譽良好的公司的服務。
在日本租車自駕需持有日本駕照或國際通用駕駛執照，且多需事先預約，根據車型及租用時間（天數）決定費用。大部分城市的機場和車站，都有汽車租賃公司提供服務。各大旅行社、航空公司等也都有代售機票、代訂酒店及提供租車服務的套餐，北至北海道，南至沖繩的全日本境內均可使用。
四、特別提示
（一）日本的公交車，大致分為“前門上車中門下車”和“中門上車前門下車”兩種，乘搭時請留意車身的標示。收費方式也分兩種：一種是先付費后坐車；另一種是上車時領取整理券，下車把整理券投入錢箱計算車費后付錢。若使用１天乘車券，須提前在公交車終點站、主要車站的顧客服務臺或售票窗口購買。
（二）來日本旅游的中國公民即便持有中國的機動車駕駛執照，如果無國際駕照或未在日本辦理過更換日本駕照的手續，就不能駕駛機動車輛，違者將觸犯刑法。
（三）日本車輛靠左行駛，與中國相反，初到日本過馬路時一定要注意車輛的行駛方向。乘坐大巴及出租車時，乘客需從車輛左側上下。
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